Раздел «рисунок, акварель» объединяет более 15000 произведений изобразительного искусства, исполненных в технике акварели, гуаши, туши, различных видов карандашей, в том числе сангины и сухой пастели, а также в смешанной технике.
Представлены различные жанры: городской пейзаж, портрет, натюрморт, жанровые композиции, архитектурные зарисовки, эскизы праздничного оформления города, эскизы плакатов, книжных иллюстраций, предметов декоративно-прикладного искусства, рекламы и упаковки, кино и театральных декораций и костюмов, эскизы обоев, исполненные петроградскими – ленинградскими - петербургскими художниками и архитекторами в период с 1917 года по настоящее время.
На основе коллекции рисунков за последние пятнадцать лет в музее состоялось большое количество монографических и тематических выставок. Среди них выставки, посвященные творчеству таких художников, как П. А.Шиллинговский (в собрании находится уникальная коллекция акварелей к альбому «Руины и возрождение» 1921 г.), В.А.Сулимо-Самуйлло (представлен большой комплекс эскизов оформления физкультурных парадов 1930-1950-х гг.), Я.О.Рубанчик (125 листов с зарисовками в блокадном Ленинграде), Т.Н.Глебова, В.В.Стерлигов, Н.И.Евграфов, М.В.Матюшин, Л.А.Ильин и др.
Большое количество работ из коллекции участвовало в таких тематических выставках, как «Праздники Октября». «Рисунки детей блокадного Ленинграда», «Блокадный дневник. Художники блокадного Ленинграда», «Архитекторы блокадного Ленинграда», «Пиранези и пиранезианство», «ВХУТЕМАС-ГИНХУК: Цвет и Форма» и ряд других.
Рисунки, акварели, гуаши, пастели из собрания фонда вошли в отдельные издания ГМИ СПб, такие, как: «Блокадный дневник. Живопись и графика блокадного времени» (Альбом – каталог, 2005 г.), «Рисунки детей блокадного Ленинграда из собрания Государственного музея истории Санкт-Петербурга» (Альбом – каталог, 2016 г.), «Праздничное оформление Петрограда-Ленинграда к годовщинам Великой Октябрьской Социалистической революции» (Альбом, 2017 г.) и др.
Большие комплексы авторских коллекций дают возможность проследить творческий путь (наряду с вышеупомянутыми) таких ленинградских художников и архитекторов как Н.М. Быльев, П.Н. Бусырев, В.Г. Борискович, П.М. Кондратьев, М.Г. Платунов, А.В. Васильев, А.С. Никольский, Л.В. Руднев, М.А. Шепилевский и др.
Как и живописный раздел фонда, раздел акварелей и рисунков позволяет широко и пространно освещать не только вопросы, связанные с искусствоведческой тематикой, как то: художественные направления, течения, школы, жанры, изобразительные приемы, но и иллюстрировать различные исторические события, происходившие в нашем городе в тот или иной период времени.